Los riesgos son operatorios, postoperatorios y a largo plazo. Toda la cirugía de la obesidad está considerada como cirugía mayor y esto significa que no está ausente de potenciales complicaciones graves. El riesgo de mortalidad es del 1-2%.

La morbilidad, es decir complicaciones como infección de la herida, dehiscencia, fugas, estenosis, úlceras, problemas respiratorios y trombosis venosa es del 10%. Sin embargo el riesgo agregado de las complicaciones más graves como son las fugas y las trombosis no llega al 1%. A largo plazo pueden aparecer otros problemas que requieran reoperación.

Cuando se hacen reoperaciones por fallos de una operación original de obesidad la morbilidad y mortalidad son más altas que en las operaciones originales.